La historia del juego se enfoca en el joven héroe Link, quien emprende una aventura en el reino de Hyrule para detener a Ganondorf, rey de la tribu Gerudo, antes de que encuentre la Trifuerza, una reliquia sagrada capaz de concederle cualquier deseo a su poseedor. Para ello, debe viajar a través del tiempo y explorar varios calabozos con el fin de despertar a algunos sabios que tienen el poder para aprisionar de forma definitiva a Ganondorf. Se ha de mencionar que la música juega un papel muy importante en la trama del juego, puesto que el jugador tiene que aprender a tocar varias canciones con una ocarina.
